Діагностика COVID-19 методом ПЛР

Запропоноване нами рішення включає всі етапи аналізу методом ПЛР в режимі реального часу:

1. Збір зразка, транспорт і зберігання.

CITOSWAB and Transport Medium (Cytotest Scientific, КНР) - система для збору матеріалу з слизових верхніх дихальних шляхів (мазок з носа, мазок з носоглотки) з транспортним середовищем для виконання досліджень методом ПЛР для виявлення вірусів. 

Набір складається з:

  • пластикової палички з віскозним аплікатором.
  • пробірки об'ємом 10 мл, що містить 3 мл транспортного середовища.
  • спеціального контейнера для транспорту біологічно небезпечних зразків. 

Склад транспортного середовища забезпечує інактивацію вірусу при повному збереженні його генетичного матеріалу, крім того транспортне середовище полегшує подальшу екстракцію нуклеїнової кислоти і ампліфікацію.

Набір універсальний для збору біологічного матеріалу з метою подальшого дослідження методом ПЛР.


2. Екстракція нуклеїнових кислот.

2.1. Мануальний метод:

Набір Biospin Virus DNA/RNA Extraction Kit (Bioer Techology, КНР) призначений для мануального виділення нуклеїнових кислот (ДНК і РНК) з біологічного матеріалу для подальшого ПЛР аналізу. Екстракція заснована на методі центрифугування в сілікогелевій колонці.

  Наборы для виділення вірусної ДНК/РНК
BSC77S1 Набір Biospin Virus DNA/RNA Extraction Kit, 50 реакцій
BSC77M1 Набір Biospin Virus DNA/RNA Extraction Kit, 100 реакцій


2.2. Автоматичний метод екстракції.

2.2.1 Автоматичний екстрактор нуклеїнових кислот  GenePure Pro – це оптимальне рішення для виділення генетичного матеріалу (РНК) вірусу SARS-CoV-2 з зразка зібраного за допомогою набору CITOSWAB and Transport Medium (Cytotest Scientific, КНР).

Автоматичне виділення за допомогою GenePure Pro  в 4-5 разів швидше мануального методу при мінімальному ризику крос-контамінації та максимальної безпеку персоналу.

GenePure Pro - це представник нового покоління автоматичних систем виділення і очищення нуклеїнових кислот.

Прилад використовує технологію магнітних частинок і забезпечує повну автоматизацію процедури екстракції нуклеїнових кислот з різних типів біологічного матеріалу, в тому числі із зразків крові, мазків із слизової, тканин, клітин. 

Завдяки GenePure Pro досягається повна автоматизація та стандартизація процедури екстракції, при цьому виключаються помилки, пов'язані з людським фактором. Крім того, значно скорочуються трудовитрати персоналу на процедуру екстракції.


Особливості системи:

  • Повна автоматизація і висока продуктивність. 
  • Стандартизація протоколів виділення і стабільність результату. 
  • Прилад оснащений touch-screen дисплеєм, УФ лампою, і системою температурного контролю. Система легка в управлінні, безпечна і ефективна.
  • Не допускає контамінації зразків і забезпечує безпеку персоналу. Інтелектуальна операційна система строго контролює крос-контамінації між зразками.


Специфікація автоматичного екстрактора нуклеїнових кислот GenePure Pro.

Назва GenePure Pro Automatic Nucleic Acid Purification System
Кількість зразків 1 — 32 (можливо розширення до 48)
Об"єм зразка 20 — 1000 мкл
Расходні материали 96-ти лункові глибокі планшети та стриповані наконечники
Однорідність кількості виділеної НК по лунках Cv <3%
Контроль температури нагріву Лізіс: +5°С — 125°С;
Элюція: +5° — 125°С
Змішування Різні режими, різна швидкість, настроюються параметри
Різні режими, різна швидкість, настроюються параметри УФ лампа
Тип реагентів Набори реактивів з магнітними частинками
операційний інтерфейс Вбудований 8-ми дюймовий touch-screen дисплей
Програмне управління Внесення, корекція і видалення протоколів
Сканер штрих-кода опція
Комунікаційний інтерфейс USB-сумісність
Споживана потужність 600W
Размір (мм) / вага (кг) 430 х 395 х 435 / 32,5

2.2.2. MagaBio plus Virus DNA/RNA Extraction Kit набір для автоматичної екстракції забезпечує простий, швидкий і ефективний метод виділення вірусної ДНК / РНК, в тому числі і РНК SARS-CoV-2 на автоматичному екстракторі GenePure Pro.

3. Ампліфикація.

3.1. Відкрита автоматична система ПЛР в режимі реального часу QuantGene 9600 використовує технологію Пельтьє, яка забезпечує високу однорідність температурного поля і точність контролю. Термоблок має шість зон з незалежним регулюванням температури, що ідеально для точного контролю і оптимізації ПЛР. Вбудована нагрівається кришка сприяє збільшенню швидкості реакції і запобігає випаровуванню зразків.

Оптична частина приладу складається з широкополосного джерела світла LED, двох незалежних каруселей фільтрів і детектора CMOS, що забезпечує широкий діапазон збудження, виявлення флуоресценції і нульове спотворення передачі сигналу. Система має 5 детекторами, що дозволяє використовувати для роботи мультиплексні набори. 

Прилад дозволяє одночасно досліджувати до 96 зразків в різних форматах: поодинокі пробірки 0,2 мл з прозорою кришкою, планшети 96х0.2 (0.1) мл з прозорою кришкою, стрипи на 8 пробірок з прозорою кришкою.

QuantGene 9600 дозволяє проводити кілька режимів аналізу: якісний / абсолютний кількісний аналіз, стандартна крива, крива плавлення, плавлення з високою роздільною здатністю (HRM-аналіз), аналіз SNP, а також відносний кількісний аналіз і изотермическая ампліфікація.


3.2. Набори для виявлення вирусу SARS-CoV-2 методом ПЛР STAT-NAT® COVID-19 HK і STAT-NAT® COVID-19B (Sentinel Diagnostic, Италія).

Набори STAT-NAT® COVID-19HK і STAT-NAT® COVID-19B являють собою ефективні діагностичні тести для швидкого виявлення вірусу SARS-CoV-2 в зразках отриманих з дихальних шляхів людини. Можливість зберігання наборів при кімнатній температурі і формат готових до використання реагентів разом з високою чутливістю і специфічністю роблять ці набори швидким і простим інструментом для діагностики інфекцій COVID-19 у пацієнтів.


 

 

 

 

Пропоновані набори можуть бути використані на ПЛР-аналізаторі в режимі реального часу QuantGene 9600.

Переваги пропонованих наборів:

  • Готові до використання одностадійні ліофілізовані реагентні ампліфікаціонних суміші.
  • Висока специфічність для  SARS-CoV-2, дозволяє надійно ідентифікувати інфекцію COVID-19 
  • Результат доступний менш ніж через 2 години.
  • Позитивний контроль в лиофилизированном вигляді включений в набір.
  • Набір валідованого для виявлення SARS-CoV-2 в зразку біологічного матеріалу отриманого з дихальних шляхів людини.

Два варіанти набору передбачають ідентифікацію збудника COVID-19  за двома встановленими протоколом з високою чутливістю і специфічністю: 

  1. Набір STAT-NAT® COVID-19 HK (24 визначення в наборі) базується на міжнародному референсному Гонконгській протоколі.
  2. Набор  STAT-NAT® COVID-19 B (24 визначення в наборі) базується на міжнародному референсному Берлінскому протоколі.