Диагностика COVID-19 методом ПЦР

Предлагаемое нами решение включает все этапы анализа методом ПЦР в режиме реального времени:

1. Сбор образца, транспорт и хранение.

CITOSWAB and Transport Medium (Cytotest Scientific, КНР) - система для сбора материала из слизистых верхних дыхательных путей (мазок из носа, мазок-соскоб из носоглотки) с транспортной средой для выполнения исследований методом ПЦР для обнаружения вирусов. 

Набор состоит из:

  • пластиковой палочки с вискозным аппликатором.
  • пробирки объемом 10 мл, содержащей 3 мл транспортной среды.
  • специального контейнера для транспорта биологически опасных образцов. 

Состав транспортной среды обеспечивает инактивацию вируса при полной сохранности его генетического материала, кроме того транспортная среда облегчает дальнейшую экстракцию нуклеиновой кислоты и амплификацию.

Набор универсален для сбора биологического материала с целью дальнейшего исследования методом ПЦР.


2. Экстракция нуклеиновых кислот.

2.1. Мануальный метод:
Набор Biospin Virus DNA/RNA Extraction Kit (Bioer Techology, КНР) предназначен для мануального выделения нуклеиновых кислот (ДНК и РНК) из биологического материала для последующего ПЦР анализа. Экстракция основана на методе центрифугирования в силикагелевой колонке.

 

  Наборы для выделения вирусной ДНК/РНК
BSC77S1 Набор Biospin Virus DNA/RNA Extraction Kit, 50 реакций
BSC77M1 Набор Biospin Virus DNA/RNA Extraction Kit, 100 реакций


2.2. Автоматический метод экстракции.

2.2.1 Автоматический экстрактор нуклеиновых кислот  GenePure Pro – это оптимальное решение для выделения генетического материала (РНК) вируса SARS-CoV-2 из образца собранного при помощи набора CITOSWAB and Transport Medium (Cytotest Scientific, КНР).

Автоматическое выделение при помощи GenePure Pro в 4-5 раз быстрее мануального метода при минимальном риске кросс-контаминацию и максимальной безопасность персонала.

GenePure Pro - это представитель нового поколения автоматических систем выделения и очистки нуклеиновых кислот.

Прибор использует технологию магнитных частиц и обеспечивает полную автоматизацию процедуры экстракции нуклеиновых кислот из различных типов биологического материала, в том числе из образцов крови, мазков из слизистой, тканей, клеток. 

Благодаря GenePure Pro достигается полная автоматизация и стандартизация процедуры экстракции, при этом исключаются ошибки, связанные с человеческим фактором. Кроме того, значительно сокращаются трудозатраты персонала на процедуру экстракции.


Особенности системы:

  • Полная автоматизация и высокая производительность. 
  • Стандартизация протоколов выделения и стабильность результата. 
  • Прибор оснащен touch-screen дисплеем, УФ лампой, и системой температурного контроля. Система легка в управлении, безопасна и эффективна.
  • Не допускает контаминации образцов и обеспечивает безопасность персонала. Интеллектуальная операционная система строго контролирует кросс-контаминацию между образцами. 


Спецификация автоматический экстрактор нуклеиновых кислот  GenePure Pro.

Название GenePure Pro Automatic Nucleic Acid Purification System
Количество образцов 1 — 32 (возможно расширение до 48)
Объем образца 20 — 1000 мкл
Расходные материалы 96-ти луночные глубокие планшеты и стрипованные наконечники
Однородность количества выделяемой НК по лункам Cv <3%
Контроль температуры нагрева Лизис: +5°С — 125°С;
Элюция: +5° — 125°С
Смешивание Различные режимы, различная скорость, настраиваемые параметры
Дезинфекция/деконтаминация УФ лампа
Тип реагентов Наборы реактивов с магнитными частицами
Операционный интерфейс Встроенный 8-ми дюймовый touch-screen дисплей
Программное управление Внесение, коррекция и удаление протоколов
Сканер штрих-кода опция
Коммуникационный интерфейс USB-совместимость
Потребляемая мощность 600W
Размер (мм) / вес (кг) 430 х 395 х 435 / 32,5

2.2.2. MagaBio plus Virus DNA/RNA Extraction Kit набор для автоматической экстракции обеспечивает простой, быстрый и эффективный метод выделения вирусной ДНК/РНК, в том числе и РНК SARS-CoV-2 на автоматическом экстракторе GenePure Pro.

3. Амплификация.

3.1. Открытая автоматическая система ПЦР в режиме реального времени QuantGene 9600 использует технологию Пельтье, которая обеспечивает высокую однородность температурного поля и точность контроля. Термоблок имеет шесть зон с независимой регулировкой температуры, что идеально для точного контроля и оптимизации ПЦР. Встроенная нагреваемая крышка способствует увеличению скорости реакции и предотвращает испарение образцов.

Оптическая часть прибора состоит из широкополосного источника света LED, двух независимых каруселей фильтров и детектора CMOS, что обеспечивает широкий диапазон возбуждения, обнаружения флуоресценции и нулевое искажение передачи сигнала. Система обладает 5 детекторами, что позволяет использовать для работы мультиплексные наборы. 

Прибор позволяет одновременно исследовать до 96 образцов в различных форматах: одиночные пробирки 0.2 мл с прозрачной крышкой, планшеты 96х0.2 (0.1) мл с прозрачной крышкой, стрипы на 8 пробирок с прозрачной крышкой.

QuantGene 9600 позволяет проводить несколько режимов анализа: качественный/абсолютный количественный анализ, стандартная кривая, кривая плавления, плавление с высоким разрешением (HRM-анализ), анализ SNP, а также относительный количественный анализ и изотермическая амплификация.


3.2. Наборы для обнаружения вируса SARS-CoV-2 методом ПЦР STAT-NAT® COVID-19 HK и STAT-NAT® COVID-19B (Sentinel Diagnostic, Италия).

Наборы STAT-NAT® COVID-19HK и STAT-NAT® COVID-19B представляют собой эффективные диагностические тесты для быстрого выявления вируса SARS-CoV-2 в образцах полученных из дыхательных путей человека. Возможность хранения наборов при комнатной температуре и формат готовых к использованию реагентов вместе с высокой чувствительностью и специфичностью делают эти наборы быстрым и простым инструментом для диагностики инфекций COVID-19 у пациентов.


 

 

 

 

Преимущества предлагаемых наборов:

  • Готовые к использованию одностадийные лиофилизированные реагентные амплификационные смеси.
  • Высокая специфичность для  SARS-CoV-2, позволяет надежно идентифицировать инфекцию COVID-19 
  • Результат доступен менее чем через 2 часа.
  • Положительный контроль в лиофилизированном виде включен в набор.
  • Набор валидирован для обнаружения SARS-CoV-2 в образце биологического материала полученного из дыхательных путей человека.

Два варианта набора предусматривают идентификацию возбудителя COVID-19  по двум установленным протоколам с высокой чувствительностью и специфичностью: 

  1. Набор STAT-NAT® COVID-19 HK (24 определения в наборе) базируется на международном референсном Гонконгском протоколе.
  2. Набор  STAT-NAT® COVID-19 B (24 определения в наборе) базируется на международном референсном Берлинском протоколе.