Задачи лабораторной службы при оказании экстренной помощи пациентам с инфекцией COVID-19.
- Диагностическая задача – обнаружить возбудителя и верифицировать диагноз.
- Противоэпидемическая задача – быстро выявить пациентов опасных для окружающих.
- Прогностическая задача – при помощи лабораторных тестов помочь врачу клиницисту выделить группу пациентов потенциально неблагоприятным прогнозом.
- Мониторинг течения заболевания и оценка эффективности терапии.
Классификация COVID-19 тестов.
Прямые тесты обнаружения вируса SARS-CoV-2 (диагностические тесты):
- Тесты, направленные на обнаружение РНК вируса.
- Тесты, направленные на обнаружение Антигена вируса.
Непрямые тесты, направленные на обнаружение специфического ответа (антитела) организма на вирус SARS-CoV-2:
- Тесты, основанные на связывании специфических антител к SARS-CoV-2 с очищенным белком вируса в реагенте. Факт связывания обнаруживается различными методами (визуально, фотометрия, флуоресценция, хемилюминисценция).
- Тесты определения вирус-нейтрализирующих антител, оценивающие способность антител в сыворотке (плазме) пациента нейтрализовать цитотоксический эффект вируса in vitro.
Диагностическая задача – обнаружить возбудителя и верифицировать диагноз.
Ранняя диагностика инфицированных (обнаружение вируса в биологическом материале):
- обнаружение генетического материала SARS-CoV-2 (ПЦР-анализ)
- обнаружение антигена вируса SARS-CoV-2 (методы иммунохимического анализа)
Поздняя диагностика инфицирования, а также оценка противовирусного иммунитета:
- обнаружение специфических антител класса IgM и IgG в крови пациента.
Противоэпидемическая задача – быстро выявить пациентов опасных для окружающих.
Среднестатистический инфицированный человек начинает выделять в окружающую среду большие количества вируса примерно на 3-й день после заражения [N Engl J Med 382;12 March 19, 2020].
Симптомы, если они появятся, обнаруживаются примерно на 5-й день заражения. К 8-му дню, независимо от того, появились ли симптомы или нет, вирусная нагрузка и степень контагиозности пациента неуклонно снижаются [JAMA. 2020;323(15):1488–1494].
Общий вывод: существует примерно 5-дневное окно максимальной заразностью, простирающееся от 3-го до 8-го дня после инфицирования [Nat Med 26, 672–675 (2020)].
Тесты, основанные на обнаружении РНК SARS-CoV-2: диагностическая задача.
Благодаря высокой специфичности и чувствительности являются основным тестом диагностики инфекции COVID-19, но...
- длительное время от момента сбора материала до момента выдачи результата инфекции
- трудоемкость ПЦР тестирования и строгие требования к месту выполнения, квалификации персонала и необходимость дорогостоящего оборудования
- высокая вероятность ошибки на каждом из этапов проведения анализа
- высокая стоимость качественного ПЦР тестирования
ограничивают эффективность ПЦР-методов.
Связь результата теста для обнаружения РНК SARS-CoV-2 и контагиозности пациента.
- Только треть образцов с положительными результатами ПЦР вызвало заражение клеточной культуры.
- Степень инфекционности образца (способность заражать вирусом SARS-CoV-2 клеточную культуру) высока при уровне порогового числа циклов (Ct ) < 24 циклов.
- Контагиозность пациентов с вирусной нагрузкой Ct> 24 – низкая.
- Вероятность выделения культуры вируса из образца с Ct> 24 падает на 32% с увеличением Ct на каждую единицу.
Bullard J, et al. Predicting infectious SARS-CoV-2 from diagnostic samples. Clin Infect Dis. 2020;ciaa 638
Зараженный ≠ Заразный
Наряду с высокой чувствительностью ПЦР к SARS CoV 2 метод обладает относительно низкой специфичностью к контагиозной стадии заболевания - не все, у кого обнаруживается вирус SARS-CoV-2 в дыхательных путях методом ПЦР, выделяют вирус в достаточном количестве, чтобы представлять опасность для других.
Тесты для обнаружения антигена SARS-CoV-2.
- В образце мазка из носоглотки, носа, глотки или слюны иммунохимичестки методом детектируются антиген вируса SARS-CoV-2.
- В настоящее время для клинического применения валидированы только тесты для обнаружения нуклеокапсидного антигена.
- Время получения результата 15-30 минут.
- Тесты могут быть бесприборные или требовать POCT-анализаторы для считывания результата (метод иммунофлуоресценции).
Полный текст в версии для скачивания.